We translate sequences to science and industry.
方法描述：碱基质量值是衡量测序质量的重要指标，碱基质量（Q）与测序错误率（P）密切相关，受测序仪状态，测序试剂质量，样本特性等的影响。质量值计算公式如下：
方法描述：对测序reads中四种碱基的分布比例进行评估，检查是否存在AT、CG分离现象，理论上A与T、C与G的含量在整个测序反应中分别相同，且维持 在稳定水平。
方法描述：去掉index序列、建库平衡用随机碱基及截取掉后面低质量的碱基后，我们用获得的clean reads进行有效长度分析。
方法描述：如果PCR扩增过度，文库中会含有大量序列完全相同的reads。为了保证文库更好代表原始DNA的丰度，本公司在建库中对PCR扩增循环有严格控制。PCR duplication level计算方法为：从测序数据中随机挑选20万reads作为Total Reads，按照如下公式进行计算：PCR duplication level=Duplication reads/ Total reads
方法描述：根据不同的基因组的特征，选取相对合适的软件，动植物用HISAT2 (Kim D, Langmead B et al. 2015)、真菌或者基因密度较高的物种用Bowtie2(Langmead and Salzberg 2012)，根据需要会设定一定的容错率，将有效测序数据（clean reads）比对到参考基因组上。
方法描述：统计在基因组上有唯一定位的reads在各个区域的分布情况
方法描述：MeRIP-seq reads随转录单元长度的覆盖强度分析，以距转录起始位点和转录终止位点为标准，把 cDNA平均分成100份，每一份称为一个bin，求落在每个bin中的reads平均数之和，从而得到每个bin上整体的reads覆盖度。
把基因平均分成100份，每一份称为一个bin，求落在每个bin中的reads平均数之和，从而得到每个bin上整体的reads覆盖度。
CLIP-seq reads随转录单元长度的覆盖强度分析，将基因的5’UTR, CDS, 3’UTR各平均分成100份，每一份称为一个bin，求落在每个bin中的reads平均数之和，从而得到每个bin上整体的reads覆盖度。
方法描述：分别以转录起始位点/转录终止位点，翻译起始密码子/终止密码子为原点，统计其上下游1kb范围内reads的分布情况。
统计落在每个gene上的reads数目，计算每个gene的RPKM值，然后通过比较同一个gene在两个样本中的RPKM值得到两个样本间的相关性。IP项目中，如果实验与对照样本间相关性系数高，则说明两个样本中大部分reads在染色体上的分布情况类似，暗示实验样本结合的RNA/DNA的富集程度和特异性较低。
方法描述：在这部分分析中，根据样本相关性系数进行样本间聚类分析。
方法描述：本项目使用上述策略，以Input样本为背景，对IP样本进行Peak Calling，得到IP样本特异的结合峰（peak）并进行统计，结果如下：
方法描述：对实验样本特异的结合峰的宽度进行统计，得到结果如下：
方法描述：统计结合峰在参考基因组上各个区域的分布情况，统计结果如下：
方法描述：维恩图主要展示两次重复实验中重叠的peak的数目。
重复出现的结合峰在参考基因组上的分布:
方法描述：
1.利用blast将参考基因组的基因序列比对到Gene Ontology数据库，进行GO注释；
2. 提取比对结果，作为背景即background；
3. 根据结合峰相关基因（peak associated gene）注释信息，统计每个基因所在的GO Term，根据每个Term的基因数目，以及背景中此Term的基因数目，用超几何分布检验分析每个Term的显著性。
4. 选取排名前10的GO Term及其校正p-value和百分比图进行展示。
方法描述：
1. 利用blast将参考基因组的基因序列比对到KEGG数据库，进行KEGG注释；
2. 提取比对结果，作为背景即background；
3. 根据结合峰相关基因（peak associated gene）注释信息，统计每个基因所在的KEGG pathway，根据每个pathway的基因数目，以及背景中此pathway的基因数目，用超几何分布检验分析每个pathway的显著性。
4. 选取排名前10的pathway及其校正p-value和百分比图进行展示。
RNA结合蛋白通过与单链RNA结合基序（RBM）的结合来控制多种细胞生物学进程，而RBM常被包埋在RNA的结构内部（单链RNA能将自身折叠成各种各样的复杂结构），从而抑制了RNA与蛋白的互作。腺嘌呤第6位氮原子的甲基化（m6A）是一种真核mRNA常见的内部修饰，m6A能被YTHDF2（YTH域家族蛋白2）识别进而影响细胞质mRNA的稳定性。
腺苷酸N6位甲基化是高等真核生物最普遍的RNA修饰，虽然该修饰被发现与细胞的形态和发育相关，但其具体的调控方式却一直未被报道。2014年1月，Wang等人在Nature杂志上以letter的形式，首次报道了m6A调控基因表达的方式。该研究发现 m6A修饰的RNA可以被YTHDF2蛋白特异识别，被该蛋白结合会导致mRNA转运到p-body，从而导致mRNA的降解。因此m6A修饰可以调控mRNA的翻译和稳定性，在该修饰被发现近40年后，首次从机制上揭示了其调控方式。
