技术简介
染色质免疫共沉淀结合高通量测序(ChIP-seq),是一种用于分析蛋白质与DNA交互作用的研究方法。该技术将染色质免疫沉淀(ChIP)与大规模并行DNA测序结合起来以鉴定DNA与相关蛋白结合的部位,可用于精确定位感兴趣的蛋白在全基因组上的结合位点。ChIP-Seq的原理是:首先通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化与文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。ChIP-seq通常用来确定转录因子、组蛋白和其他染色质相关蛋白是如何影响基因表达和表型的作用机制。
产品优势
1、针对不同研究领域提供个性化方案;
2、分析流程全备,数据解读详细,后期数据挖掘可提供个性化分析;
3、研究思路丰富:与RNA-seq连用,可探索DNA与蛋白互作会影响基因转录,从而使表达发生改变;与ChIP-PCR连用,可验证DNA与蛋白的结合;可对DNA与蛋白的结合位点进行敲除,再对二者的结合情况进行检测,深入验证DNA与蛋白的结合特征和功能。
产品应用
1.ChIP-seq可以研究组蛋白的修饰情况,以剖析表观遗传特征和生物学功能;
2.ChIP-seq可用来研究转录因子结合位点,解析该转录因子作用的通路信息;
3.ChIP-seq技术可得到核小体的定位图谱,核小体定位在转录调控,DNA复制和修复等多种细胞过程中并起着重要作用;
4.ChIP-seq技术可研究DNA的甲基化情况,DNA甲基化会引起染色体结构、DNA构象、DNA稳定性以及DNA与蛋白质相互作用方式的改变,从而控制基因表达。
数据联用
1.ChIP-seq与RNA-seq连用,可探索DNA与蛋白互作会影响基因转录,从而使表达发生改变。
2.ChIP-seq与ChIP-PCR连用,可验证DNA与蛋白的结合。
3.可对DNA与蛋白的结合位点进行敲除,再对二者的结合情况进行检测,深入验证DNA与蛋白的结合。
案例解析
MACF1通过在细胞质中隔离抑制因子来促进成骨细胞的分化(Cell Death Differ.IF=12.067)

在这项研究中,作者揭示了细胞骨架蛋白MACF1调控成骨细胞分化的机制。当细胞内MACF1水平较高时,MACF1会与细胞骨架及微管蛋白结合,从而有效的隔离了细胞质中成骨分化相关的抑制因子,确保了成骨细胞的动态分化过程。当细胞内MACF1降低时,成骨分化相关抑制因子会核易位进入细胞核中,从而抑制成骨分化相关基因的转录。该研究首次发现细胞骨架蛋白MACF1通过影响成骨分化相关的转录因子在细胞中的定位,影响成骨细胞的分化。

参考文献:

Hu, L., C. Yin, D. Chen, Z. Wu, S. Liang, Y. Zhang, Z. Huang, S. Liu, X. Xu, Z. Chen, Y. Zhang and A. Qian (2021). “MACF1 promotes osteoblast differentiation by sequestering repressors in cytoplasm.” Cell Death Differ.