技术简介

RNA pulldown是体外RNA下拉技术,它允许识别与感兴趣的RNA分子特异性相互作用的蛋白质伴侣。在该技术中,目标RNA(如lncRNA)在体外合成并用生物素化尿苷标记。然后,将先前鉴定为富集在细胞核中的RNA与核提取物孵育,并用链霉亲和素珠下拉。在目标RNA是细胞质RNA的情况下,可以使用细胞质或全细胞提取物进行类似的操作。针对不同的RNA分子,采用全长法或探针法进行捕获,最后,相关蛋白的检测可以通过蛋白质印迹或在没有先前候选的情况下通过质谱进行。

·目前我们的RNA pull down有2种方法:
1)全长法:
全长的正义链-生物素标记的探针去钓取结合的蛋白,全长的反义链-生物素标记的探针捕获作为对照组;全长法是整个基因作为探针去钓取,相当于外源基因对内源蛋白结合的捕获。
2)探针法:
当基因较长,比如长度超过3kb,或者针对某个特定的转录本,避开其他的转录本的时候,会使用探针法——短片段-反义链-生物素标记探针与体内正义链的靶标基因结合,进行钓取体内靶标基因结合的蛋白,短片段-反义链-不加生物素标记探针作为对照组,相当于对内源靶标基因结合蛋白的捕获。

产品优势

√能够特异性地获得一个RNA(包括lncRNA,circRNA,miRNA,mRNA特定转录本等)的互作蛋白,解析RNA发挥功能和作用的分子机制;
√配套2种实验方案:全长法和探针法可供选择,实现全类型的RNA分子捕获,消除长度限制,类别限制等,以期准确获得目的基因捕获的蛋白,排除非特异性干扰。
√实验操作流程简单,成功率高,周期可控。

实验步骤及流程图

实验步骤如下:

1)细胞核/细胞质提取物制备;
2)生物素标记的RNA探针制备;
3)RNA pulldown实验:链霉亲和素捕获;
4)质谱实验:获得和RNA互作的蛋白质。

RNA下拉实验流程图

结果展示

结合到lincRNA-p21的蛋白质的SDS-PAGE凝胶(右泳道)或反义RNA(左泳道)的结果展示。

将突出显示的区域提交用于质谱分析,hnRNP-K被鉴定为lincRNA-p21特有的条带。hnRNP-K与lincRNA-p21的特异性结合的Western印迹分析,同时显示了一种非特异性蛋白(NONO)作为对照。

案例解析

这篇文章主要讲述了lncRNA FOXD2-AS1通过结合蛋白(EZH2和LSD1)沉默EphB3调控胃癌的发生发展。作者通过生信预测,发现FOXD2-AS1能够与EZH2和LSD1结合;同时利用EZH2或LSD1 RIR-PCR实验,证明EZH2或LSD1确实能够结合FOXD2-AS1(图A);为了进一步验证,作者做了FOXD2-AS1 pull down WB实验,证明FOXD2-AS1能够与EZH2和LSD1结合(图B)。

 

参考文献

【1】Marín-Béjar O, Huarte M. RNA pulldown protocol for in vitro detection and identification of RNA-associated proteins[J]. Regulatory Non-Coding RNAs: Methods and Protocols, 2015: 87-95.

【2】Xu T, Wang W, Ma P, et al. Upregulation of the long noncoding RNA FOXD2-AS1 promotes carcinogenesis by epigenetically silencing EphB3 through EZH2 and LSD1, and predicts poor prognosis in gastric cancer[J]. Oncogene, 2018, 37(36): 5020-5036.