Ionic immune suppression within the tumor microenvironment limits T cell effector function
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Cancer-associated SF3B1 mutations affect alternative splicing by promoting alternative branchpoint usage
运用RNA-seq 技术并构建多个minigene进行一系列分子细胞学实验，探究SF3B1的突变对众多基因的前体mRNA 剪接的调控机制。
研究思路
1. 对大量的有SF3B1的突变肿瘤样本进行RNA-seq，分析发现SF3B1的突变影响大量基因的前体mRNA剪接 ；
2. 构建众多基因的minigene 进行分子细胞实验，探索突变的SF3B1调控大量基因剪接的机制；
3. 总结出突变的SF3B1促进识别可变分支位点的分子调控模型。
文章亮点
1．第一次揭示了SF3B1的癌症相关性突变通过促进使用可变分枝位点的方式影响可变剪接的调控机制。
Natural RNA circles function as efficient microRNA sponges
该论文提出了一种全新的CLIP方法，称为enhanced CLIP (eCLIP)。该方法为RBPs在全基因组范围内的maps提供了一个更加强大，标准化的框架。显著的降低了测序过程中所需要扩增的次数，并且极大地提高了RBPs文库可读百分比的成功率。此外，eCLIP还改善了配对input controls的发现auehentic位点的信噪比。
Acquired Tissue-Specific Promoter Bivalency Is a Basis for PRC2 Necessity in Adult Cells
通过对小鼠睾丸上皮绒毛和腺窝干细胞进行RNA-seq和CHIP-seq研究，发现基因的二价启动子在干细胞和组织特化细胞中的不同分布情况，以及组蛋白修饰marker在不同细胞中对基因表达调控的差异。
A Landscape of Pharmacogenomic Interactions in Cancer
研究者们利用TCGA、ICGC和其他已发表的高通量测序数据（图1），绘制了人类肿瘤的变异图谱。图谱信息包括以下几类癌症功能事件（Cancer Functional Events, CFE）：1、表现出定向选择特征的高突变率的癌症基因；2、反复发生的拷贝数差异变化；3、启动子区的超甲基化CpG位点。通过分析超过11000名病人的肿瘤样本信息，研究者们确定了1699种癌症特异CFE，并进一步合并为1273种泛癌症CFE。