IVT-seq reveals extreme bias in RNA sequencing

宾夕法尼亚大学的研究者们最近使用了一项新技术来检测在RNA-seq建库和测序过程中人为引入的偏好。高通量RNA测序技术已称为基因表达和转录组分析的重要手段,但人们对不同的建库方法引入的偏好(bias)了解不足,迄今为止也没有好的手段来估算这种偏好。John B. Hogenesch的研究团队展示了通过体外转录组测序(in vitro transcription seq,IVT-seq)估算偏差的方法,可能为今后的实验设计和方法改进提供参考。

Dynamic analyses of alternative polyadenylation from RNA-seq reveal a 3’-UTR landscape across seven tumour types

可变聚腺苷酸化(alternative polyadenylation, APA)是转录后水平调控的重要组成部分。约70%的人类基因都有多个polyA位点,可以产生长度不同的3′-UTR或transcript variant,极大提高了转录组的多样性。最近的研究显示肿瘤组织也有其独特的APA特征,如形成较短的3′-UTR,但人们对其的认识还远远不够充分。贝勒医学院Wei Li研究团队在Nature Communication上报道使用一种新的生物信息学算法DaPars(Dynamic analysis of Alternative PolyAdenylation from RNA-Seq)重新分析了现有的肿瘤组织RNA-seq数据,他们发现的肿瘤组织APA特征可能为癌症诊断提供新的方法。

mRNA poly(A)长度不影响翻译效率

Subtelny等研究人员发表了题为“Poly(A)-tail profiling reveals an embryonic switch in translational control poly(A)”的文章,通过PAL-seq (poly(A)-tail profiling by sequencing) 技术研究了胚胎发育时期poly(A)尾巴长度与翻译效率的关系。相关成果公布在2014年1月29日Nature杂志上。