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转录组测序(mRNA-seq)
mRNA是由DNA的一条链作为模板转录,携带遗传信息,并能指导蛋白质合成的一类单链RNA。
mRNA测序使用oligod(T)富集建库方法结合高通量测序研究mRNA的表达和调控,广泛应用于各类基础研究。
全转录组测序
不同于只能获取mRNA信息的转录组测序,全转录组测序通过两种不同的建库方式可以同时对pre-mRNAInCRNA、circRNA或micrORNA进行测序并单独分析。还可进行多种RNA联合分析以及内源竞争性RNA整合分析,分子标记筛选等,探究其潜在的调控网络机制,全面的揭示转录调控问题。
rRNA是细胞中含量最多的一类RNA,但在测序时大量的rRNA会掩盖其他基因的测序丰度,所以需要去除rRNA来构建
链特异文库来获得IncRNA、mRNA、circRNA数据。
miRNA相较于其他三类RNA(pre-mRNA、IncRNA、cirCRNA),序列较短,只有18~26nt,所以构建文库的方法不一样,
需要分别上机测序。
✔ 进口/国产多测序平台
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转录组分析揭示了健康和CML患者组之间明显不同的基因表达模式
期刊:Journal of AdvancedResearch
lF:12.822
这项研究利用转录组测序技术揭示了不同时期慢性髓系白血病患者的转录图谱。运用ABLas可变剪接分析流程比较了两类患者中的可变剪接调控模式,急变期白血病患者表现出更显著的剪接失调。筛选出辅助剪接因子hnRNPA1可作为区分白血病患者和健康人的的生物标志物。实验证明hnRNPA1的全长剪接亚型A1-b在急变期患者中表达明显升高,这种独特的表达模式可能为白血病急慢性患者的分类提供新的预后指标。
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