高分辨率空间转录组技术 Stereo-seq 是具有 “纳米级分辨率、厘米级全景视场” 的原位捕获空间全转录组测序技术，可以实现对同一样本在组织、细胞、亚细胞、分子“四尺度”同时进行空间转录组分析。
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技术原理
时空组学技术 Stereo-seq是具有 “纳米级分辨率、厘米级全景视场” 的原位捕获空间全转录组测序技术，可以实现对同一样本在组织、细胞、亚细胞、分子“四尺度”同时进行空间转录组分析。该技术通过 Stereo-seq芯片（Stereo-seq Chip）捕获组织中的RNA，并通过空间条形码（Coordinate ID，CID）还原回空间位置，实现组织空间检测。
Stereo-seq 芯片上布满了数十亿规则阵列排布的单链线球状DNA纳米球（DNA NanoBall，DNB）。DNB 是以单链环状DNA 为模板、经过滚环扩增（Rolling-Circle Replication，RCR）后得到的产物，每个 DNB 直径为 220 nm，两个 DNB中心点间距范围为 500 nm。通过 DNBSEQ 技术对固定在芯片上的 DNB 进行测序，得到 Coordinate ID（CID）信息，CID 和 DNB 坐标位置一一对应，可以通过建立 CID 与坐标位置的映射关系，还原后续捕获到的 mRNA 的空间位置。对照关系保存在时空芯片 CID- 坐标位置对照文件中（Stereo-seq Chip Mask 文件）。
Stereo-seq技术原理[2]
技术优势
作为国际领先的空间转录组技术，Stereo-seq 具备“纳米级分辨率”和“厘米级全景视场”的突破性优势，同时实现了多组学联合分析和全物种应用。
sST 方法的结果与特性比较结果[3]
*sST 方法根据其在特定类别中的性能进行了排名，最佳方法位于顶部。分辨率低于 20 μm 的方法更受青睐。排名通过颜色和斑点大小在左侧面板中直观展示，而右侧面板则概述了这些方法的基本特征。可负担性较低的方法表示价格较高。CM，角膜间质；pNR，推测神经视网膜；LV，晶状体囊；OB，嗅球。
01 高分辨率
Stereo-seq 技术将认识生命空间表达的分辨率提高到 500 nm 的亚细胞层级；可以通过图像识别细胞核位置，并结合算法实现单个细胞及分子信息的空间定位和检测；也可通过 binning 的方式，识别组织中的不同功能区域。
Stereo-seq 技术以单细胞分辨率解析成年小鼠大脑[2]
02 大视野
华大时空现已推出芯片尺寸为 0.5 cm × 0.5 cm、1 cm × 1 cm、1 cm × 2 cm、2 cm × 2 cm 和 2 cm × 3 cm 的标准试剂盒产品，同时还可根据实际需求开展定制化合作（＞ 1 cm × 1 cm）。在兼容现有时空技术流程的基础上，多尺寸时空芯片能精准匹配目标组织器官大小，极大地提升捕获面积利用率。
03 多组学
Stereo-seq 多组学产品方案可实现转录组与蛋白组的同片共检测，从空间维度实现表型→机制的全面揭示。
04 全物种
Stereo-seq 技术可广泛应用于人、动物、植物及微生物，目前已经完成了 50 余种物种的组织器官研究。
产品方案
参考文献
[1] Liu L, Chen A, Li Y, Mulder j, Heyn H, Xu X. Spatiotemporal omics for biology and medicine. cel.2024:;187(17):4488-4519.
[2] Chen A, Liao S, Cheng M, et al. Spatiotemporal transcriptomic atlas of mouse organogenesis using DNA nanoball-patterned arrays. Cell. 2022;185(10):1777-1792.e21.
[3] Sun Y, Hu Y. integrative analysis of multi-omics data for discovery and functional studies of complex humandiseases.Adv Genet,2016,93: 147-190.
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