单细胞全序列转录组技术在提升基因全长检测范围的同时扩展了lncRNA、病毒和组蛋白mRNA等非polyA RNA的检测能力,在肿瘤突变溯源、共突变、病原感染与宿主相互作用、lncRNA调控网络探究、用药指导、biomarker筛选等研究领域有着独特优势。

技术原理

单细胞全序列转录组检测技术scFAST-seq采用半随机引物12N7K捕获RNA,替换了采用olig0-dT捕获RNA的方法,可以在转录本的多个位点启动逆转录,实现对RNA的全长覆盖,同时通过使用blocker对mt-rRNA和rRNA进行block,减少数据浪费,能有效获得除mRNA以外的一些非编码RNA的信息。由于上述技术改进,scFAST-seq技术在突变的检测,ICRNA的检出以及可变剪接事件检出方面具有独特的优势。

技术优势

优势1:实现转录组全长覆盖

优势2:lncRNA的检出数量和丰度增加

优势3:提高mRNA和lncRNA可变剪接事件检出率

优势4:构建lncRNA-mRNA调控网络

优势5:实现跨物种研究(可检出病毒序列)

优势6:提高突变的检出

研究领域

01  实现了单细胞水平突变的检测研究

  • 鉴定驱动突变细胞来源
  • 探索突变亚型微环境特征
  • 检测共突变及转移性
  • 分析细胞分化及突变轨迹

02  实现了non-polyA mRNA的检测研究

  • 更高比例的non-polyA基因(如组蛋白等)的检测
  • 实现了non-polyA物种(如病毒等)的检测

03  实现了全长及更高比例的Noncoding RNA的检出

04  实现了更高比例的Splice junctions的检出

文献案例

Nture Communication  | 剪接多样性增强了垂体神经内分泌肿瘤的分子分类

基础分析内容