时空蛋白转录组Stereo-CITE

技术简介

时空蛋白转录组Stereo-CITE，在同一张组织切片上以单细胞分辨率实现全转录组和超高重蛋白共检测，是从“组织到数据”的空间多组学整体解决方案。该方案适用于人和小鼠新鲜冰冻 (Fresh Frozen, FF) 样本。

该方案巧妙运用DAPI染料对新鲜冷冻样本DNA进行高效染色，精确定位细胞核结构；同时，利用Stereo-seq芯片上装载的带有空间坐标信息的捕获探针，可在同一张组织切片上原位捕获组织中的mRNA分子和抗体衍生标签 (Antibody Derived Tag，ADT) ，并通过空间条形码(Coordinate ID，CID)还原回空间位置，生成基因和蛋白空间表达图谱。搭配多组学联合分析工具，能够获取单细胞分辨率下厘米级全景视场的转录组和多蛋白空间分布信息，助力研究人员精准量化组织异质性和相关生物学意义，开拓更广阔的空间组学研究视角。

技术原理

Stereo-seq芯片上布满了数十亿规则阵列排布的单链线球状 DNA 纳米球(DNA NanoBall,DNB)。DNB 是以单链环状DNA 为模板、经过滚环扩增(Rolling-Circle Replication,RCR)后得到的产物，每个 DNB 直径为 220 nm，两个 DNB中心点间距范围为 500 nm。

携带空间条形码(Coordinate ID，CID)的DNB链接分子编码 (Molecular ID,MID)和PolyT后，可以实现游离 mRNA和蛋白抗体上的ADT分子的捕获。通过测序得到CID 信息，CID 和DNB 坐标位置一一对应。建立CID 与坐标位置的映射关系后，实现mRNA 和ADT 空间位置的还原。