单细胞测序入门指南

为了更好地进行科学研究，我们需要更好的数据，而单细胞可提供其他方法无法比拟的高分辨率见解。

什么是单细胞RNA测序？

单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）可测量单个细胞中的转录组基因表达，提供细胞在复杂组织内的功能和相互作用的详细图谱。将单个转录本追溯到其来源的细胞使研究人员能够在高度异质性样品中精确定位独特的基因表达谱，最终揭示其他方法经常遗漏的稀有细胞类型和动态细胞状态。

例如，研究人员使用大量 RNA-seq（平均许多细胞的基因表达）来分析致命的肿瘤，可能会错过一小群耐药细胞，从而可能忽略假定的药物靶标。

简而言之，scRNA-seq 为您提供更多高质量的数据和更深入的见解，以提升科学研究影响力。

单细胞对我的研究有什么用？

1、确定疾病生物标志物和机制

开发健康和患病组织的全面多组学单细胞图谱，以识别疾病特异性细胞或细胞状态。

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2、了解异质性群体中的细胞特异性反应

捕获数千到数百万个细胞中样品的完整异质性。

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3、细胞过程的动力学

跟踪细胞状态随时间的变化，以描绘发育途径、疾病进展和免疫反应。

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4、细胞间相互作用

探索肿瘤微环境中淋巴细胞和靶细胞之间的细胞间相互作用等。

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5、识别新的细胞类型和状态

一次性测得细胞通量高，可灵敏检测稀有转录本和低 RNA 含量细胞，这些细胞通常逃避已知标记物的捕获或检测。

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单细胞RNA测序优势是什么？

单细胞测序平台有哪些？

一、10× Genomics

▶平台原理：

通过微流控技术将单个细胞与带有独特条形码（Barcode）和分子标签（UMI）的凝胶珠包裹在油滴（GEMs）中。细胞裂解后，mRNA被凝胶珠上的Poly(dT)引物捕获并逆转录为带标签的cDNA，最终通过高通量测序区分不同细胞的基因表达信息。

▶平台优势：

平台推出时间较早，文章数量处于领先；
细胞通量高，能同时进行8个样本，每个样本细胞数适用范围为100-20000个；
捕获效率高：单个细胞捕获效率高达 65%，高效捕获每个细胞中的表达基因；

二、BD Rhapsody

BD Rhapsody单细胞平台 | 兼具高通量、低细胞损伤和多组学整合优势

▶平台原理：

基于微孔板技术，将细胞与携带条形码的磁珠一对一结合。每个磁珠有独特标签，细胞裂解后mRNA被磁珠捕获并建库，结合BD Scanner全程可视化质控，确保实验可靠性。

▶平台优势：

高通量，支持百万级细胞通量；
低细胞损伤，适用于脆弱细胞如粒细胞、植物原生质体等；
多组学整合分析，可同时检测转录组、蛋白组、免疫组库及表观基因组；

三、华大智造DNBelab

华大智造DNBelab C系列平台 | 单细胞研究的高性价比方案

▶平台原理：

采用两种磁珠（Cell Beads和Index Carrier），液滴中同时包裹细胞和大磁珠（捕获mRNA）、小磁珠（辅助识别）。通过大小磁珠的互补配对，合并同一液滴内的信息，提升有效数据量

▶平台优势：

双磁珠高效捕获：获得高通量、高精度、低交叉污染捕获数据；
稀有细胞高效捕：高效捕获稀有类型细胞，实现新突破；
性价比高：同样经费大队列研究可纳入更多样本；

常见Q&A

Q1：scRNA-seq的工作流程？

A：

Q2：scRNA-seq中单细胞悬液制备是做什么？

A：单细胞悬液制备是实验流程中最基础且关键的步骤，其目的是将组织或细胞样本解离成单个分散、活性良好的细胞悬浮液，确保每个细胞能被独立捕获并用于后续的文库构建和测序。单细胞悬液制备的质量直接关联后续实验能否继续进行，其质量高低也直接决定数据的好坏。然而，单细胞悬液由于制备的细节繁多，不同类型组织间的差异性较大，导致得到高质量单细胞悬液的难度较高。

瑞兴生物拥有丰富的组织解离经验，涵盖了绝大部分的样本类型，比如常见的血液、皮肤、脑、肝脏、肾脏、肠道、肺、视网膜、软骨、胰腺、卵巢等等。