FFPE样本（福尔马林固定石蜡包埋组织样本）是临床病理诊断与医学研究的核心样本类型，通过福尔马林固定保持组织结构完整性，结合石蜡包埋技术实现长期稳定保存。
其优势包括：
1、 医院病理库中储存的大量样本与临床信息关联，支撑疾病回顾性研究与生物标志物开发；
2 、兼容传统病理染色、分子检测及多组学分析技术；
3 、整合传统与分子病理学数据，助力精准诊疗。
随着空间转录组等前沿技术的应用，FFPE样本在揭示疾病时空异质性、肿瘤微环境解析等领域的科研价值持续扩展，成为连接临床实践与转化医学研究的重要纽带。
华大时空转录组FFPE技术解决方案依托创新探针设计，以全RNA捕获能力、灵活样本兼容性与可定制芯片规格突破传统FFPE样本时空组学研究瓶颈。
技术原理
时空转录组FFPE产品方案，利用“随机探针”对FFPE样本中组织细胞内的Total RNA分子进行原位捕获，并通过空间条形码（Coordinate ID，CID）还原回空间位置，实现全物种全转录组空间表达图谱的构建，助力临床科研深入理解疾病的发生与发展机制。
技术优势
01 | 同张切片 H&E 或细胞核染色
根据研究需求，可选择在同一张组织切片上进行 H&E 染色或细胞核染色，实现多模态数据获取及融合分析。
02 | 空间单细胞分析
检测分辨率达到 500 nm，可实现空间单细胞水平分析。
03 | 编码及非编码 RNA 共捕获
基于随机探针的技术原理,可同时实现 mRNA 和 non-coding RNA 的原位捕获。
04 | 微生物与宿主共检测
可同时捕获微生物及其宿主的空间表达信息，进而探究宿主与微生物的互作关系。
05 | 无物种限制
不仅可以应用于人和小鼠，也可对其他物种样本进行时空组学信息挖掘。
技术应用
技术流程
示例展示
准确刻画多类细胞的空间分布
基于 FFPE 样本中的基因表达空间信息，注释多种细胞类型，并精准定位各种细胞类型的空间分布。
探索癌症组织的免疫特征
基于 H&E 提供的组织学信息进行组织分型，从而深入探究癌前区及癌区的空间分子特征。
微生物与宿主共检测
在感染鼠肺样本中结核分支杆菌 (Mtb) 的空间转录组检测数据与病理染色结果吻合。
Mtb转录本表达量与 CFU 有较好的对应关系
Mtb 转录本空间位置与TB 抗酸染色的位置一致
同时进行 mRNA 和 lncRNAs 的高分辨率空间分析
在人肺癌组织样本中，实现编码与非编码 RNA的共捕获分析，联合非编码 RNA 精准解析肿瘤免疫微环境。
空间转录组刻画肺癌肿瘤免疫微环境（TME）
lncRNAs的空间表达模式以及与mRNAs的相互作用
空间可变lncRNA与恶性细胞存在空间相关性
空间可变lncRNA与TME存在空间相关性