关于RBPs质粒

RNA结合蛋白(RNA binding proteins, RBPs)自RNA转录起始,就常与之相伴。在RNA寿命的不同阶段,会和不同类型的RBP结合形成核糖核蛋白(RNP)复合体,介导其成熟、转运、定位和翻译过程的调控。真核生物编码的RBP极为多样,通过各自特异的RNA识别和结合机制,调控RNA代谢的方方面面。

基因和蛋白的表达实验广泛用于基因组学、蛋白质组学、系统生物学的研究。shRNA(short hairpin RNA,shRNA)是一段短发卡RNA序列,是设计为能够形成发卡结构的非编码小RNA分子,因其具有特殊的茎环结构,在哺乳动物细胞中可以长期甚至稳定地发挥RNA干扰,该技术已经成为研究哺乳动物体内外基因功能强大有力的工具。

转录组数据

利用转录组测序技术(RNA-seq),从整体水平研究RBP表达量改变对基因表达模式、表达水平以及可变剪接事件的影响,提供全面的转录组信息。

数据

设置2组生物学重复及相应对照,提供原始RNA-seq数据。

基础分析

对样品原始转录组RNA-seq进行基础分析,包括测序质量评估、有效reads提取、reads比对、测序饱和度统计、碱基含量统计等。

高级分析

对RNA-seq数据进行高级分析,包括差异表达基因分析、可变剪接分析、功能聚类分析等。
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